Frusciante se juntou ao RED HOT CHILI PEPPERS após a morte do guitarrista fundador Hillel Slovak em 1988. Essa formação gravou dois álbuns de grande sucesso que trouxeram popularidade ao grupo: “Mother’s Milk” e “Blood Sugar Sex Magik”. Infelizmente, Frusciante caiu em um profundo vício em heroína que o levou a deixar a banda durante uma turnê para apoiar “Blood Sugar Sex Magik”. Frusciante voltou ao CHILI PEPPERS seis anos depois, tocando no álbum de 1999 “Californication”, “By The Way” de 2002 e “Stadium Arcadium” de 2006, antes de deixar a banda novamente em setembro de 2009.
Frusciante se apresentou pela última vez com o vocalista do RED HOT CHILI PEPPERS, Anthony Kiedis, e o baixista Flea, em um concerto beneficente de 2016.